En la actualidad constituye en su conjunto un Santuario Histórico Nacional, protegido por el gobierno peruano mediante el D.S 001.81.AA de 1981, que trata de conservar las formaciones geológicas y restos arqueológicos dentro del Santuario además de proteger su flora, fauna y belleza paisajística. Tiene una extensión de 32,592 Hás. (80,535 acres). La ciudad Inkásica se halla a 13°09'23" de latitud Sur y 72°32'34" de longitud Oeste; en el Km. 112 de la vía férrea Qosqo - Quillabamba, punto conocido como "Estación de Puente Ruinas", a 2000 metros de altura. Desde esa estación se abordan vehículos para trepar la empinada montaña en la carretera "Hiram Bingham" de unos 8 kms. y así finalmente arribar al Grupo Arqueológico más célebre del país que se halla a una altura promedio de 2450 m.s.n.m. El clima en el sector de la ciudad Inkásica de Machupicchu tiene también algunas características que se encuentran en toda la región; aquí se distinguen básicamente sólo dos estaciones bien marcadas: la de lluvias entre setiembre a abril y la sequía de mayo a agosto. Sin embargo, al hallarse Machupicchu al inicio de la selva amazónica cusqueña la posibilidad de tener lluvias o garúa es latente en cualquier época del año; en los días más calurosos se puede alcanzar aún hasta los 26° Celsius [Centígrados] (78.8° Fahrenheit), mientras que en las más frías madrugadas de los meses de junio y julio se puede tener hasta -2° Celsius (28.4° F). Anualmente se tiene un promedio de precipitaciones pluviales desde los 1571 mm. (61 pulgadas) hasta los 2381 mm. (93 pulgadas); es obvio que la humedad relativa mensual está en relación directa a las precipitaciones, teniéndose un promedio de humedad desde el 77% en los meses de sequía, hasta un 91 % en los meses de lluvias.

El Santuario Histórico Nacional de Machupicchu se encuentra sobre una gran estructura orógena de granito bautizada por el Dr. Isaiah Bowman como el "Batolito de Vilcapampa" que tiene unos 400 Km² de afloramiento, cuya formación se remonta en la escala del tiempo geológico al Paleozoico o Primario Inferior y tendría una antigüedad aproximada de 250 millones de años. El granito blanco-gris del Batolito de Vilcabamba es roca ígnea intrusiva (magma enfriada en las profundidades del interior de la tierra); está compuesto principalmente, en promedio por feldespato en un 60%, cuarzo en un 30%, conteniendo también mica en un 10%; tiene textura equigranular entrelazada y ostenta de 6 a 7° de dureza en la escala de MOHS con una resistencia de 1200 kg/cm². De igual modo, en la región se encuentran otras rocas correspondientes también al Paleozoico Inferior como pizarras, cuarcitas y conglomerados metamórficos que tendrían entre 350 a 450 millones de años.

Machupicchu (como casi todos los nombres de origen Quechua en la región) es una palabra compuesta que proviene de machu = viejo, y picchu = cumbre o montaña (en Quechua es masculino); por lo tanto Machupicchu se traduce como "cumbre o montaña vieja". La montaña célebre que se observa en frente y aparece en las vistas clásicas del lugar es denominada Waynapicchu o "montaña joven". Desafortunadamente los nombres de origen de los sectores en mención se han perdido, Machupicchu, Waynapicchu y otros nombres propios encontrados hoy son contemporáneos, al parecer adscritos en la epoca colonial.

Se conoce que quien hizo el descubrimiento científico de Machupicchu fue Hiram Bingham, un historiador norteamericano descendiente de misioneros nacido en 1875 en Honolulu, Hawai; quien en 1907 regentaba la cátedra de Historia y Geografía Sudamericana en la Universidad de Yale. En su condicion de profesor de historia especializado en Sudamérica fue nombrado delegado de su país al Primer Congreso Científico Panamericano realizado en Chile en 1908. Anteriormente, en 1906 había iniciado sus actividades como explorador haciendo una gira desde Caracas a Bogotá, siguiendo la ruta de Simón Bolívar. Después siguió la vieja ruta comercial de la colonia desde Buenos Aires a Lima, llegando a esta zona de los Andes en 1909; ese año fue invitado por el prefecto de Apurimac don Juan José Núñez para desde Abancay hacer una exploración hacia Choquekirau y estudiar lo que entonces se creía era la última capital de los Inkas. Desde finales de la época colonial se habían creado muchos mitos sobre la existencia de los "tesoros de los Inkas" que según la tradición habían sido transportados por Manko Inka en su retirada hacia Willkapanpa (willka = sagrado, panpa = llano; su forma españolizada es Vilcabamba), de tal suerte que era común encontrar buscadores de tesoros ávidos por llegar a esa última morada de los Inkas. Esa misma intención motivó a Bingham para estudiar crónicas y aún visitar archivos españoles y posteriormente en 1911 volver al Perú con la finalidad de hacer estudios de geografía, geología y botánica, y por supuesto, también para tratar de encontrar Willkapanpa.

Posteriormente Bingham volvió a Norteamérica para organizar una expedición multidisciplinaria y para buscar apoyo económico que le fue otorgado por la Universidad de Yale y la National Geographic Society. De vuelta en el Peru, frente a la petición de Bingham para ejecutar trabajos en Machupicchu, mediante decreto del 31 de octubre de 1912, el gobierno peruano lo autorizó a realizar los trabajos proyectados, autorizándole además de acuerdo a su artículo cuarto, a sacar libremente del país las piezas obtenidas durante sus exploraciones pero con el compromiso de devolverlas a simple solicitud del Perú. Fue una autorización en nombre de la "etiqueta internacional" que contradijo la ley vigente e hizo un daño irreparable a la herencia cultural del Perú, porque esos objetos sacados en 1912 aún se mantienen en la Universidad de Yale. Fue en 1912 cuando se limpio la vegetación, se hicieron excavaciones extensivas y se encontraron casi todas las tumbas en los alrededores de Machupicchu. Tiempo después, debido al éxito rotundo de las publicaciones de Bingham en EEUU se decidió organizar una nueva expedición para 1914-15. Tampoco en esa oportunidad se había conseguido un permiso previo para realizar trabajos, hubieron graves denuncias y una fuerte oposición, por lo que en agosto de 1915 Bingham tuvo que huir del Perú. Al final, en 1916 el gobierno peruano nuevamente autorizó la salida de los objetos encontrados por esa expedición, que mucho tiempo después fueron devueltos al Perú en 1921.

Según nuestra historia, en 1536 Manko Inka o Manko II empezó con la guerra contra la invasión española llevando a cabo el célebre sitio de la ciudad en el que Manko estuvo a punto de conseguir la victoria. Mas, luego de 8 meses de encarnizada guerra fue vencido por los peninsulares y sus aliados de tribus o naciones enemigas ancestrales del Inkario; la retirada fue inevitable y Manko disolvió el grueso de su ejército para que sus soldados pudiesen cuidar de sus familias y dedicarse a la agricultura. Manko Inka se retiró hacia Vilcabamba (Willkapanpa) por la ruta de Chinchero, incendiando esa población para que los conquistadores que lo seguían no tuviesen albergue ni alimentos; pasó por Ollantaytambo donde libró una victoriosa batalla sobre los españoles y finalmente se internó en la selva alta, estableciendo así su nuevo centro de operaciones. La cruenta guerra entre Inkas e invasores continuó; Manko fue asesinado en 1545 por fugitivos Almagristas a los que había acogido gentilmente luego de su derrota y su sentencia a la pena de muerte por haber eliminado a Francisco Pizarro en Lima y haberse levantado contra el orden colonial establecido. Manko fue sucedido por su hijo Sayri Tupaq que fue persuadido por familiares del Qosqo, fieles a la corona española, para pactar con la autoridad virreynal; viajó a Lima donde se entrevistó con el Virrey quien le concedió algunos privilegios y el Marquesado de Oropesa que comprendía terrenos de los actuales distritos de Yucay, Urubamba, Maras y Chinchero; aparentemente satisfecho, construyó su palacio de adobes en Yucay pero murió en 1560 según la tradición envenenado por Quechuas opositores al pacto con el invasor. A la muerte de Sayri Tupaq asumió el poder su hermano Titu Kusi Yupanki, quien en su reducto de Vilcabamba recibió también comitivas políticas y religiosas del Qosqo y Lima para pactar con el Virrey; en 1568 fue bautizado cristianamente con el nombre de Diego de Castro. Por aquella época Titu Kusi murió por enfermedad siendo luego sucedido por su hermanastro don Tupaq Amaru quien era bastante joven e inexperimentado y estuvo asesorado por un grupo de veteranos que vieron en los conquistadores a su enemigo implacable y continuaron con la guerra. El Virrey ordenó la captura del Inka para lo que envió a un ejército de casi 300 soldados, encabezado por Martín Hurtado de Arbieto, como capitán de la guardia fue nombrado Martín García Oñaz de Loyola. Los invasores llegaron a Vilcabamba librando batallas diversas pero el Inka y su familia habían huido más al interior de la floresta, mas finalmente el último Monarca Quechua fue capturado y conducido al Qosqo junto a sus seguidores por el mismo García Oñaz de Loyola (quien después se casó con Beatriz Qoya heredera del Marquesado de Oropesa y sobrina de Tupaq Amaru). Luego de un juicio sumario el Inka fue sentenciado a la pena de muerte y posteriormente decapitado en la gran plaza de la ciudad ante la fría mirada del Virrey Toledo el 24 de setiembre de 1572; sus restos fueron depositados en la iglesia de Santo Domingo y así se había eliminado al último hombre de la dinastía Inka, luego de 36 años de guerra por recuperar su nación.

En 1911, Hiram Bingham creyó haber encontrado en Machupicchu la Vilcabamba de Manko Inka, lo cual hoy resulta falso por conocerse la ubicación exacta de esa ciudad y otras consignadas en la crónicas. Por otro lado; en la actualidad con frecuencia se pregunta cómo es que 150 ó 180 españoles, los primeros que llegaron aquí, pudieron tan fácilmente conquistar la civilización inkásica de 12 a 16 millones de habitantes; lo cierto es que no fue consecuencia de la fortaleza física del español ni de su privilegiada sabiduría, sino simplemente porque a la llegada del invasor aquí se libraba una fratricida guerra civil. La Capital del Tawantinsuyo fue siempre el Qosqo, su legítimo monarca era Thupa Kusi Wallpaq conocido por la tradición como Waskar Inka quien tenía un hermanastro de nombre Atawallpa que quiso usurpar el poder trasladándose a Tumipampa (Cuenca en el actual Ecuador). Allí Atawallpa se hizo coronar como el nuevo Inka con la finalidad de derrocar a su hermanastro Waskar quien fue apresado en octubre de 1532 luego de algunas contiendas bélicas; posteriormente los españoles llegaron a costas peruanas y en noviembre ingresaron a Cajamarca, apresaron a Atawallpa quien desde su prisión ordenó eliminar a Waskar y los orejones cusqueños, produciéndose así en la Capital Inkásica la indiscriminada y célebre "matanza de orejones". Los españoles conocedores de los hechos, culparon y procesaron a Atawallpa imponiéndole la pena de muerte; luego de eliminarlo marcharon hacia la Capital donde fueron bienvenidos porque se creía que eran vengadores del Qosqo ya que habían dado muerte a su enemigo. Pero además, fueron considerados como dioses porque eran muy diferentes, tenían tez blanca, barba, armas de fuego, caballos; y aún los Quechuas creyeron que caballo y español eran un solo ente capaz de desdoblarse o partirse en dos. Por otro lado también se creyó que eran divinidades porque existía un viejo mito que decía que los dioses de los Inkas debían llegar por el mar, exactamente como lo hicieron los conquistadores. Por todas esas razones los conquistadores fueron muy bien acogidos y bienvenidos en la capital de los Quechuas, cuyos habitantes les hicieron conocer todo aquello que poseían, sus palacios, templos, pueblos y ciudades; mas, en aquel entonces nadie habló sobre Machupicchu porque como sugieren los indicios fue una ciudad muy especial y secreta o en su defecto estaba ya perdida y olvidada. Las evidencias arqueológicas indican una total ausencia española, no existen influencias en cerámica ni arquitectura, tampoco los extirpadores de idolatrías destruyeron sus templos como sucedió en cada lugar conocido por los peninsulares, por lo que está categóricamente demostrado que los españoles no conocieron ni llegaron a Machupicchu.

Por su ubicación, estratégicamente establecida para su protección; por la cantidad de templos que aquí se encuentran y por la calidad arquitectónica de los mismos; por la poca cantidad de "kanchas" o departamentos para familias extendidas; y por las múltiples características que presenta Machupicchu, en su origen, fue un centro de poder regional dependiente del Qosqo, es decir una pequeña capital política y religiosa. Seguramente sirvió de morada para el Inka o para un dignatario de la capital con un rango muy alto y para una nobleza selecta que tenía muchos privilegios y estuvo rodeada de cientos de sirvientes.  Muchos arqueólogos e historiadores modernos establecen que fue mandada a construir y utilizada por el Inka Pachakuteq que fue el más grande estadista del Tawantinsuyo y gobernó a partir de 1438. Para esa aseveración se toma en cuenta la datación cronológica dada por el radiocarbono o carbono 14, su indudable estilo arquitectónico "Inka Imperial", la cerámica predominante, y un par de crónicas antiguas encontradas en archivos del Qosqo. Las evidencias arqueológicas y arquitectónicas desechan totalmente la posibilidad de una ocupación pre-Inkásica en este sector.

De acuerdo a las construcciones que se encuentran en esta ciudad Inkásica, normalmente se calcula que su población en su apogeo fue de unas mil personas. El osteologo John W. Verano establece en un último estudio de las momias encontradas por la expedición de Bingham que existía un relativo balance entre la población masculina y femenina, desechándose así la teoría a partir del estudio de George Eaton que equívocamente indicaba que un 80% de esa población eran mujeres y que en Machupicchu se encontraba un importante "Aqllawasi" o casa de "Mujeres Escogidas" de entre las más bellas y virtuosas, ellas eran consideradas como esposas del Sol. Muchos estudiosos contemporáneos aducen que ellas también fueron esposas del Inka, al considerarse que éste era Hijo del Sol y por lo tanto un Dios viviente; así, el Inka habría vivido en su propiedad, en compañía de sus esposas. Era normal que el Inka tuviese centenares de concubinas, ya que por ejemplo, como se conoce de acuerdo a nuestra historia Wayna Qhapaq (el padre de Waskar y Atawallpa) tuvo más de 400 vástagos. Sin embargo, su esposa principal debía ser una hermana suya, porque así se debía mantener la "sangre solar" que poseían según la tradición; el heredero al trono debía ser un hijo del Inka y su hermana. Del meticuloso estudio de John Verano se desprende además que la población de Machupicchu estaba compuesta por personas étnicamente heterogéneas y que no eran demasiado robustas ni tenían signos de haber participado en actividades bélicas. Más bien su clasificación encaja perfectamente con la teoría que Machupicchu fue una propiedad del Inka Pachacuteq, y que los restos óseos corresponden a las personas que debían servir en ese enclave. La estatura de los hombres adultos era en promedio 1.57 metros y de las mujeres 1.48 m. Por otro lado, Verano indica que no existe evidencia inequívoca de sífilis u otra enfermedad bacterial similar. Sin embargo, existen dos probables casos de tuberculosis.

Hoy, se desconocen las razones que llevaron al despoblamiento de la ciudad Inkásica, sin embargo hipotéticamente se plantean algunas que están enmarcadas dentro de un marco lógico. Se cree que fue una muy mala epidemia la que obligó a abandonar la ciudad construida en una zona húmeda y con abundancia de insectos diversos; aún hasta las primeras décadas de este siglo se solían tener epidemias diferentes en la zona, especialmente de malaria, en la actualidad se utilizan fumigantes, insecticidas y otros productos químicos que han modificado las condiciones de salubridad. Otra posibilidad indica que a la muerte del soberano que mandó a construir y utilizó la ciudad, ésta debió ser abandonada y clausurada. La otra razón hipotética aduce que una vez los Antis, nación enemiga del Inkario que habitaba en la selva llegó al lugar donde llevó a cabo una matanza indiscriminada, siendo luego la ciudad abandonada. Lo evidente es que esa ciudad inkásica fue cerrada, abandonada y olvidada aún hasta los primeros años del presente siglo.

De un modo metodológico, hoy, Machupicchu se divide en dos sectores principales: el agrícola y el urbano. El Sector Agrícola es el primero que se encuentra al ingresar a partir del hotel de turistas, allí se hallan terrazas agrícolas artificiales bastante extensas siendo sólo algunas de las que existen en el área ya que la mayor parte de ellas se encuentran cubiertas por la densa vegetación del lugar. Hay cinco construcciones al extremo oriental de las terrazas que seguramente sirvieron de vivienda para los agricultores que cultivaban el sector; en el extremo superior de esas terrazas se halla una habitación pequeña de sólo 3 paredes conocida como el "Puesto del Vigía" construida en un lugar estratégico, ya que desde allí se tiene una vista amplia del Cañón del Urubamba en dos cursos diferentes, además es aquí desde donde se tienen las vistas o fotografías clásicas de Machupicchu. En las cercanías se encuentra la denominada "Roca Funeraria" que es un pedrón suelto colocado intencionalmente en el lugar, tallado a manera de un altar con algunas escalinatas y una argolla, según algunos autores sirvió para realizar todo el proceso de embalsamamiento de las personas muertas incluyendo el secado de las momias; sin embargo, esa roca también parece haber tenido cierta relación con la observación solar ya que en el solsticio de invierno, la luz del sol se proyecta precisamente hacia esa roca desde "Intipunku" o la "Puerta del Sol" que es el conjunto de construcciones hacia el oriente, en el paso o abra, al final del camino Inka que se observa bordeando la montaña de Machupicchu. Más hacia el sur de la "Roca Funeraria", sobre algunas terrazas se halla la construcción más larga de Machupicchu, es una "Kallanka" que tiene 8 vanos de acceso en su muro delantero y 2 en sus costados; por su ubicación cerca a los caminos, sus dimensiones y morfología, debió ser una especie de "Tambo" y servir de albergue para un grupo numeroso de personas; algunos denominan a esa construcción "Cuartel" y otros "Talleres".

Para cruzar del sector agrícola hacia el urbano existe un gran "Foso Seco" que fue construido como una barrera entre los dos sectores; Machupicchu fue una ciudad muy exclusiva y su población selecta entre la nobleza, por lo tanto tuvo un sistema de seguridad y protección bastante eficaz. Trasponiendo el Foso Seco se ingresa al Sector Urbano; más adelante se llega hasta la "Calle de las Fuentes" que contiene 16 Fuentes Litúrgicas; en el Inkario el agua fue siempre considerada como una deidad especial, por lo tanto se tenían con normalidad fuentes y reservorios para su culto. La fuente principal se halla delante de una construcción de sólo tres paredes que en la Arquitectura Inkásica es denominada "Wayrana", se supone que fue un centro ceremonial desde donde el "Willaq Uma" o Sumo Sacerdote debió llevar a cabo ceremonias diversas para adorar al agua. Hoy, el líquido elemento no discurre más por los canales simplemente porque el hotel de turistas lo utiliza; originalmente el agua fue captada desde un manante localizado detrás de la montaña de Machupicchu, el canal venía al costado del Camino Inka que conduce hacia Intipunku.

En las cercanías se halla el "Templo del Sol" que fue un complejo originalmente bastante bien protegido; cabe indicar que en el Inkario sólo los sacerdotes y el Inka podían hacer uso de los templos, por lo tanto éstos permanecían cerrados y protegidos; la población común tenía ceremonias multitudinarias en lugares abiertos o plazas como la de Machupicchu o el Qosqo. La entrada al Templo del Sol es a través de una magnífica puerta de doble jamba, que en su cara interior muestra su sistema de seguridad con un anillo pétreo encima del dintel donde debía estar colgada la puerta de madera, y los dos clavos líticos dentro de pequeñas cajuelas en las dos jambas interiores donde se ataban los maderos de la puerta. El Templo del Sol fue construido sobre un pedrón "in-situ" inmenso, tiene planta semicircular, su pared posterior es recta y está construida con piedras de cara rectangular y además sus uniones entre piedras son perfectas, es del tipo arquitectónico "Inka Imperial". La pared semicircular tiene dos ventanas, una de ellas está orientada hacia el oriente y la otra hacia el norte; de acuerdo a científicos contemporáneos esas dos ventanas constituyen el observatorio solar más importante en Machupicchu. En la ventana hacia el oriente se puede fijar con efectividad el solsticio de invierno en base a la medición de las proyecciones de sombras en la roca central; ambas ventanas en su cara exterior tienen sobresalientes vigas falsas (clavijas labradas) que seguramente sirvieron para sostener otros elementos que facilitaban la observación solar. En la porción central del templo se encuentra el altar tallado en roca "in-situ" que sirvió para llevar a cabo las diversas ceremonias en honor al astro rey, es allí donde se ejecutaban sacrificios de animales para luego del análisis de su corazón, pulmones y vísceras poder predecir el futuro; es allí donde el Inka debía simbólicamente beber "chicha" (cerveza de maíz) con su padre el Sol. La pared posterior que es recta y tiene una ventana con orificios labrados en su umbral, la tradición la conoce como la "puerta de las serpientes"; los orificios son similares a los del Templo de las Estrellas en el Qorikancha del Qosqo que al decir de Garcilaso ostentaban adornos en piedras y metales preciosos, posiblemente aquí también esos orificios tenían la misma función. Las paredes rectas del templo presentan en su interior nichos trapezoidales donde se colocaban diversos ídolos y ofrendas. Muchos autores indican que originalmente el templo en mención tenía un techo cónico hecho de madera y paja, y lo denominan el "Suntur Wasi", "Torreón Militar", etc.

Debajo del "Templo del Sol" se encuentra una gruta interesante que fue bautizada por Bingham como la "Tumba Real"; se aduce que allí debío encontrarse la momia de un Inka o el soberano de Machupicchu; la relación sería lógica: el Inka enterrado debajo del Templo de su padre el Sol. Es indudable que esa pequeña gruta debió estar relacionada con el Ukju Pacha (mundo subterráneo) y el culto a los muertos. En el interior de la gruta se hallan dos nichos trapezoidales con almillas o clavijas pétreas sobresalientes a la altura de los dinteles; en el piso existe una labradura con un "signo escalonado". En el Inkario todos los cadáveres eran embalsamados en posición fetal con la diferencia que las momias de nobles eran guardadas en templos mientras que las de personas comunes enterradas o acomodadas en cementerios. Dentro del complejo del Templo del Sol, también se encuentra una construcción de dos plantas conocida por algunos como Recinto de la "Ñusta" y por otros del "Sacerdote"; por su ubicación en el complejo debió tener una estrecha relación con el Templo y posiblemente también fue morada para el Willaq Uma o Sumo Sacerdote.

Al otro lado de la calle, frente al Templo del Sol, se halla el "Grupo Real"; es una clásica "kancha" (un departamento para una familia extendida), es la única que se encuentra en el sector y la única que es bastante sólida y construida con piedras labradas; no cabe duda que se trata de la morada del Inka. El grupo consta de dos habitaciones grandes y dos "Wayranas" pequeñas alrededor de un patio central. La habitación oriental es conocida como el dormitorio y en su interior la porción austral está dividida con piedras labradas constituyendo la "cama", en ese rincón debió dormir el soberano sobre mantas tejidas en lana de vicuña; en el extremo norte de la habitación se halla un compartimiento pequeño que la tradición ha bautizado como los "servicios higiénicos" lo que resulta inusual al no encontrarse con normalidad baños dentro de los departamentos. La habitación enfrente es conocida como el "estudio" del soberano; las dos "wayranas" pequeñas fueron probablemente utilizadas como cocina y taller. Casi en medio del patio central hay una piedra labrada que sirvió de batán o mortero para poder moler granos y otros alimentos. Saliendo del Grupo a través de su único ingreso (hoy existe otra salida detrás del "estudio" que fue abierto para ayudar la movilidad de turistas), en el pequeño y estrecho pasaje, hacia el lado derecho y a unos dos metros de altura se aprecia una piedra con una viga falsa labrada que tiene un orificio en medio, debió servir para colgar elementos ceremoniales y quizá un "aríbalo" (vasija clásica del Inkario de base puntiaguda) de "chicha".

Subiendo aún más las escalinatas de piedra se llega al sector de la "Cantera" o "Caos Granítico" donde se hallan bloques amorfos de granito que según se aduce estuvieron siendo paulatinamente explotados. Es importante recalcar que todas las montañas alrededor de la ciudad Inkásica tienen la misma calidad de rocas, es decir granito blanco-gris del Batolito de Vilcabamba, por lo tanto las rocas estuvieron en el lugar y no fueron transportadas del fondo del valle como algunos pretendieron establecer. Existe en el sector una roca que está parcialmente fraccionada con hoyos sobre la nervadura natural de la roca, ese trabajo no es original del Inkario sino simplemente una muestra de la técnica utilizada en aquel entonces para quebrar rocas (fue hecha en 1953). Al enfriarse el magma para formar los granitos hubo también un proceso de cristalización por lo que esas rocas presentan siempre nervaduras, fallas o líneas naturales en su superficie, éstas fueron ubicadas por los canteros Quechuas y aprovechadas para sobre las mismas hacer hoyos que luego eran taconeados con madera seca que posteriormente era mojada, así, utilizando la dilatación o expansión de la madera mojada se podían quebrar las rocas. Al inicio del presente trabajo se explica con detenimiento las técnicas y utensilios utilizados en el Inkario para trabajar rocas.

Desde la cantera se puede continuar por las escalinatas hacia el sud-este para llegar al sector denominado como el "Grupo Superior", del "Ingreso Principal", o del "Yachaywasi" (escuela); allí se hallan bastantes construcciones con paredes de tipo "pirka" que aparentemente cumplieron la función de edificios públicos notándose también la presencia de "Qolqas" o almacenes. En este sector se halla la Puerta Principal de Machupicchu, fue el único medio de acceso por la parte suroriental de la ciudad que estaba protegido para permitir el paso sólo de su población exclusiva; al interior del vano se aprecia también el clásico sistema de seguridad con el anillo lítico sobre el dintel y los clavos dentro de pequeñas cajuelas en las jambas.

Hacia el occidente de la cantera se halla el "Grupo Sagrado" o "Plaza Sagrada", donde se observa el "Templo Principal" que es un templo de tipo "Wayrana" es decir de sólo tres paredes que están fabricadas con piedras de cara rectangular y uniones perfectas, con el tipo de paramento "Inka Imperial". Dicho templo presenta siete nichos trapezoidales en su pared central y cinco en cada una de las laterales; delante, a unos diez metros y muy cerca al "Templo de las Tres Ventanas" se halla una roca grande parcialmente labrada que debió ser la columna central del Templo Principal que sostenía las vigas del techo, algunos denominan a esa roca "altar de sacrificios". En la actualidad se aprecia que el templo en mención tiene su pared del fondo quebrada desplazándose hacia el oriente; trabajos arqueológicos diversos demostraron que se trata de un desplazamiento como consecuencia de la filtración pluvial, aunque algunos geólogos aducen que es producto de una falla geológica que atraviesa el lugar indicando además que existe otra precisamente en el sector del Templo del Sol. Hoy, se ignora la deidad adorada en ese Templo Principal aunque algunos historiadores aducen que pudo haber sido Wiraqocha, el Dios superior invisible de los andinos. Delante de la pared lateral sureña de ese templo se halla una pequeña protuberancia rocosa labrada con forma de un rombo que al decir de algunos es una representación de la Cruz del Sur, lo que no está categóricamente probado. En el extremo norte de la "Plaza Sagrada" está el denominado "Templo de las Tres Ventanas" que de igual modo es otra "wayrana" y debió tener un techo de dos vertientes; sus piedras son poligonales y comparativamente debió ser anterior o menos importante que el "Templo Principal". Las evidencias indican que ese templo debió ser originalmente proyectado para tener cinco ventanas; todo parece indicar que las dos ventanas extremas fueron tapiadas una vez concluido el Templo. En la parte central de lo que correspondería a la pared delantera se halla la columna que sirvió de apoyo para el techo y al lado occidental una piedra labrada con escalones representando el clásico "signo escalonado" que a su vez representa los tres niveles del mundo andino: el "Hanan-Pacha", el "Kay-Pacha" y el "Ukju-Pacha". La existencia de este Templo hizo creer a Bingham que había ubicado el mítico "Tampu-T'oqo" de Pakareqtanpu y que por lo tanto aquí se habría originado la Civilización Inkásica, lo cual hoy se demuestra falso. En una de las paredes de este templo Bingham encontró en 1911 la inscripcion hecha con carbón vegetal: "Lizárraga 1902".  Frente al "Templo Principal" se halla una habitación con dos entradas y paredes rústicas de tipo "pirka" que hoy es denominada la "Casa del Sacerdote", lo cual es probable por el contraste arquitectónico presente; ya que la calidad de los muros está en relación directa a la importancia de cada construcción. Detrás del "Templo Principal" se halla un recinto pequeño de calidad bastante bien lograda, que por su ubicación debió guardar estrecha relación complementaria con el Templo; en su interior, en la parte inferior de la pared del fondo se encuentra una inusual plataforma baja a manera de asiento o sofá pétreo, además son impresionantes los dos bloques poligonales en ambos lados del vano de ingreso que tienen más de 30 ángulos cada uno. Ese pequeño recinto es conocido como la "Cámara de Ornamentos" y aún por algunos con mentalidad muy occidentalizada o católica como la "Sacristía" del "Templo Principal".

A partir de la "Plaza Sagrada", hacia el noroccidente se alzan escalinatas que conducen directamente hacia el sector del "Intiwatana", que visto desde lejos tiene la forma de una pirámide irregular trunca que Binhgham denominó "Cerro Sagrado". Es impresionante la forma cómo se adaptó todo ese sector a la forma de la colina "in-situ", en sus contornos se observan terrazas estrechas que no necesariamente son agrícolas sino que sirvieron para detener la erosión y así proteger al "Intiwatana". Casi siempre esas terrazas estrechas fueron utilizadas además como jardines, es decir, con fines ornamentales y no tienen sistemas de irrigación como en otros lugares; las terrazas agrícolas de Machupicchu están en una zona demasiado húmeda resultando innecesarios los canales de agua; se identifican de este modo, de acuerdo a su función, tres tipos de terrazas. Antes de llegar a la sección alta, al costado derecho de las escalinatas se halla una argolla lítica labrada en un bloque incrustado en la pared que posiblemente sirvió para colocar en ella un distintivo o bandera sostenida de una lanza, tal como sugieren los indicios ésta era una práctica común en plataformas de esas características. La parte superior oriental de la formación natural ha sido artificialmente alisada para poder ser utilizada como un "Usnu", es decir, una plataforma especial desde donde los dignatarios de Machupicchu podían dirigirse a viva voz a su pueblo que debía estar apostado en la plaza principal que se encuentra en la parte baja y hacia el nororiente. Lo anterior se ve facilitado por la ubicación de la plataforma desde donde no se tienen interferencias y por la sonoridad que alcanza la voz humana aparentemente reflejada y amplificada al chocar con las terrazas opuestas. En la parte central de la formación existen vestigios de construcciones de fino acabado con los clásicos vanos trapezoidales; por aquí también sobresale la roca viva aparentemente amorfa, sin embargo, muchos autores aducen que se trata de vestigios de una maqueta de Machupicchu labrada en la roca, ya que curiosamente la silueta de la roca en mención tiene muchas coincidencias con la geografía local. Al extremo occidental de la formación se encuentra la célebre roca labrada denominada hoy "Intiwatana", su forma es irregular o poligonal y remata en un poliedro cuasi cúbico cuya cima tiene muestras de haber sido golpeada o modificada. Originalmente, todas las caras de ese bloque debieron estar finamente pulidas posiblemente con las mismas características que presentan los pulimentos de rocas en Ollantaytambo, es decir que tuvo una superficie lisa casi como un vidrio; además debió contar con otros elementos auxiliares para su utilización. El nombre de "Intiwatana" para denominar piedras labradas como ésta fue estrenado por George Squier en 1877, ya que esa denominación no se halla en ninguna crónica antigua; la denominación correcta sería "saywa" o "sukhanka" como lo indican los cronistas. "Intiwatana" se traduce como "lugar donde se ata al sol"; y hoy se aduce que al producirse el solsticio de invierno el 21 de junio (cuando el Sol se encuentra en el punto más lejano de la tierra o viceversa), se debía llevar a cabo el "Inti Raymi" (Fiesta del Sol) la más grande celebración del Inkario; en esa fecha los Quechuas creían que su "Tayta Inti" o Padre Sol los estaba abandonando de tal modo que debían llevar a cabo rituales diversos para pedirle al Sol que no se aleje más y también simbólicamente debían atar al Sol en el "Intiwatana". Sin embargo "Intiwatana" podría tener también otro sentido, ya que "Inti" es "sol" y "Wata" es "año", así podría ser traducido como el "lugar donde se mide el año en relación al sol". El ángulo sureño del poliedro superior tiene una inclinación de unos 13º, que además es la latitud en la que se encuentra Machupicchu, lo que resulta sorprendente es que esa inclinación ayudó a la fijación del equinoccio de primavera el 22 de setiembre, fecha en la que al mediodía el Sol no proyecta ninguna sombra con el poliedro. Es inobjetable que sirvió como un eficiente observatorio solar a través de la medición de sus sombras proyectadas; aunque se ha especulado bastante con esa roca llamándola "reloj solar", y otros nombres que no vienen al caso. Los Quechuas no necesitaron medir el día en horas o minutos, por lo tanto, no supieron como hacerlo. Muchos estudiosos aducen que los "Intiwatana" también servían como hitos direccionales en cuyas características o ángulos determinados se pueden encontrar el norte magnético y el sur, lo que resulta cierto en Q'enqo cerca al Qosqo y aquí en Machupicchu donde dos ángulos del poliedro y su base indican el norte magnético. Los astrónomos White, Dearborn y Mannheim luego de meticulosos estudios establecen que desde este complejo es posible tener observaciones de las pléyades, muy importantes para la agricultura andina y otras constelaciones como la Cruz del Sur, Spica - Alfa y Beta Centauro, Vega, Deneb y Altair. Estudiosos locales indican además, la relación del Intiwatana de Machupicchu con un sistema "Ceque", es decir una alineación imaginaria de observatorios y "Waqas" en toda la región, incluyendo las montañas y valles circundantes. Al decir de los arqueólogos cusqueños Valencia y Gibaja, "Todos estos elementos afirman la idea que la roca esculpida del Intihuatana de Machu Picchu, es un eje cósmico y ritual de gran significación religiosa y tónica, claramente asociada con otros puntos, que determinan importantes ejes ceremoniales en época incaica".

Descendiendo por las escalinatas hacia el noroccidente del Intiwatana se llega al extremo norte de Machupicchu donde se halla el conjunto de la "Roca Sagrada"; se trata de un complejo pequeño donde existen dos "wayranas" muy similares, una frente a la otra y con paredes tipo "pirka" que en su época sirvieron como templos o altares para rendirle culto a la roca que se yergue hacia el noreste, en medio de ellas. La "Roca Sagrada" es "in-situ" y se levanta sobre un pedestal también de piedras, su superficie es relativamente lisa y posiblemente también estuvo finamente pulida como los bloques de Ollantaytambo, mas la erosión de 4 o más siglos de abandono han hecho que su pulimento superficial y aún la forma de su silueta se hayan modificado. En la Religión Inkásica se cree que las montañas constituyen o poseen "apus" o espíritus superiores considerados protectores de los hombres y sus pueblos; hoy las montañas son todavía objeto de adoración en la religión andina. Muchos estudiosos creen que la "Roca Sagrada" no es otra cosa que la representación de la montaña detrás de ella denominada "Yanantin"; hoy las siluetas de la roca y la montaña son casi coincidentes como consecuencia del desgaste y la erosión natural sobre la roca, empero originalmente debieron ser idénticas. Sin embargo, algunos aducen que la roca debió tener otra forma, posiblemente la de un "puma agazapado" o un "cuye" (conejillo de indias). Hacia el norte de ese conjunto parte el camino conducente hacia la montaña de Wayna Picchu y hacia el sur hacia la Plaza Principal de la ciudad.

La Plaza Principal de la ciudad es el más grande espacio abierto y llano que existe en ella, está hacia el este y al pie del "Intiwatana". Fue el lugar donde se debieron llevar a cabo las ceremonias populares y multitudinarias para su población, quizá también el "Inti Raymi" o Fiesta del Sol al igual que en la Plaza Principal del Qosqo. En las cercanías de la Plaza existen andenes que no tuvieron función agrícola sino que simplemente sirvieron para alisar el terreno, en la topografía totalmente irregular de Machupicchu esa fue la única forma de conseguir espacios planos.

En la parte oriental de Machupicchu, al nor-este de la Plaza Principal se alzan muchas otras construcciones con paredes de tipo "pirka" (con piedras toscamente labradas y unidas con mortero de barro); la disposición de construcciones en el área es más o menos complicada incluyendo sectores que reciben diversos nombres como "Grupo Alto", "Conjunto de las Tres Portadas", etc. Se trata básicamente de construcciones que sirvieron como departamentos, almacenes, y otros fines utilitarios. Al oriente de este complejo se encuentran construcciones interesantes con altares diversos, construcciones semisubterráneas, piedras labradas con formas diversas, etc., sobre las que aún no existen estudios de interpretación profundos. Por esa zona también se encuentra una interesante cueva que contiene una ventana labrada parcialmente en la roca sólida denominada "Intimachay" estudiada con detenimiento por Dearborn quien aduce que desde el interior de la cueva sólo se pueden ver 2º de horizonte a través de la ventana que está alineada con la salida del Sol en el solsticio de diciembre o verano que es el mes del "Qhapaq Raymi". El margen de 2º posibilitaba la observación del solsticio durante 10 días antes y después del evento, lapso que en el caso de una zona nebulosa y lluviosa como Machupicchu es necesario.

Más al sureste del complejo anterior se encuentra el denominado "Grupo de los Morteros", al que algunos denominan "Barrio Industrial" y también "Barrio Intelectual"; la calidad arquitectónica de sus muros indica que tuvo importancia gravitante dentro de la ciudad por lo que Bingham lo denominó "Grupo de la Ingenuidad y Grupo del Jardín privado". Ese fue un grupo aparentemente bastante reservado porque contaba con un ingreso de doble jamba y al interior aún se hallan las cajuelas del sistema de seguridad de la puerta con sus respectivos pines pétreos. Desde la altura del piso y hasta una altura de unos dos metros los muros fueron manufacturados con piedras labradas, pero la parte superior fue hecha con piedras más toscas; esa característica sugiere quizá una construcción en dos etapas diferentes. En el grupo se encuentra un habitación que tiene dos "morteros" circulares, ambos de casi el mismo diámetro y labrados en el piso sobre rocas "in-situ"; según algunos autores fueron morteros utilizados para moler elementos diversos para la fabricación de tejidos o cerámica en el sector que fue "industrial", otros indican que fueron asientos para "aríbalos" o recipientes de base puntiaguda que debieron contener "chicha". Incluso se dice que fueron llenados con agua para servir de una especie de "espejos" para la observación astral durante las noches despejadas, aduciendo que la ausencia de hastiales es porque el recinto no estuvo techado, lo que de acuerdo a la opinión de muchos astrónomos modernos parece poco probable, ya que es más práctico observar el cielo directamente y no mediante espejos. Al sur de la habitación anterior se halla una construcción muy interesante, se trata de dos "wayranas" idénticas o habitaciones de sólo tres paredes, que comparten una sola pared interior, en lugar de su pared frontal presentan una columna que debió sostener las vigas del techo. En el complejo se observan además algunas otras habitaciones con la misma calidad, rocas labradas a manera de altares, etc.

Uno de los sectores más fascinantes y enigmáticos en Machupicchu es el del "Cóndor" que se halla ubicado al sur este de los "morteros". El "Templo del Cóndor" forma una especie de laberinto donde en su porción baja y central se halla la escultura en una roca "in-situ" con la forma de la cabeza de un Cóndor Andino que ostenta su pico, el clásico collar blanco alrededor de su cuello y su cuerpo entero; en la parte superior los dos roquedos que la rodean representan sus alas, dando la impresión de ser un cóndor en actitud de aterrizaje. Es inobjetable que ese fue un lugar sacro especialmente construido para rendirle culto al "Apu Kuntur" que fue uno de los tres animales sagrados del Inkario, al igual que el puma y la serpiente o "Amaru"; por lo tanto su función fue estrictamente religiosa. El Cóndor fue y aún es una deidad especial en los Andes, pero se desconocen las ceremonias que debieron llevarse a cabo en su honor en el Inkario. Empero, hoy los Andinos de algunos pueblos recónditos de esta parte del Perú anualmente llevan a cabo su festividad denominada "Yawar Fiesta" o "Fiesta de Sangre" (ver el capítulo sobre el Cóndor Andino) en la cual un Cóndor vivo es adorado de una manera muy peculiar. Por su parte, algunos indican que aquí se encontraban las "Cárceles" de Machupicchu; se aduce que en este lugar habían pumas y también quizá serpientes, de tal modo que quienes eran castigados debían morir inexorablemente y que una vez muertas las personas aquí descendían además de Cóndores otras aves de rapiña para devorar los restos de los castigados. Se indica que existían dos tipos de castigo y que los nichos con pequeños hoyos en las jambas que se encuentran detrás del ala izquierda del Cóndor servían para el "maniatamiento" de los castigados cuyas manos eran atadas a los hoyos de los nichos, cabe indicar que esos nichos estaban cubiertos con un techo. Se aduce además, que los otros nichos más altos de la pared posterior que tienen un pequeño vano hacia atrás servían para otro castigo diferente: el "emparedamiento" de los castigados, quienes eran introducidos y emparedados en los nichos con la cara hacia el pequeño vano superior que les servía para poder respirar y consumir alimentos. En el Inkario, esas "cárceles" tuvieron una función complementaria al "Templo del Cóndor"; además, por su ubicación y múltiples características ese complejo debió cumplir una función altamente ritual y no de "cárceles".

Hiram Bingham y sus expediciones trabajaron intensivamente en el parque arqueológico por un lapso de 5 años excavando prácticamente cada metro cuadrado en Machupicchu; en sus alrededores se hallaron tumbas antiguas y momias de 174 personas siempre acompañadas de sus objetos de uso habitual incluyendo vestimenta, cerámica, alimentos, adornos, etc. Al final de sus trabajos Bingham informó que ningún objeto de metal precioso fue encontrado en Machupicchu, lo que hoy se refuta por la versión de la viuda de Agustín Lizárraga y sus descendientes quienes aseveran que ese intrépido joven campesino asentado en la zona antes del arribo de Bingham, en sus exploraciones en búsqueda de tierras cultivables allá por el año de 1900 llegó a la ciudad perdida utilizando el camino que comunica desde la zona de San Miguel hasta la "Plaza Sagrada". Se indica que en sus sucesivas visitas encontró en algunos nichos objetos de cerámica, piedra, oro y plata; objetos que los vendía a un conocido comerciante rico del Qosqo. A la muerte de su marido en circunstancias bastante "extrañas" en 1912, la viuda de Lizárraga heredó algunos tesoros en metales preciosos que donó al convento de Santa Clara del Qosqo luego que en confesión Católica fue persuadida por el sacerdote para que con esa donación pudiese encontrar "sosiego y salvación para su alma". Es posible que ningún otro campesino aparte de Lizárraga haya profanado el lugar porque en la sociedad tradicional Andina se guarda siempre un respeto y reverencia ancestral hacia las "Wakas" antiguas y aún más hacia las tumbas de antepasados que no pueden ser profanadas en la creencia que están protegidas y el profanarlas acarrea desgracias, enfermedades, muerte y otras maldiciones.

Bingham escribió que cada objeto que él encontró al trabajar en Machupicchu fue depositado en la Universidad de Yale. Pero hoy (1998) una visita para observar los objetos de Machupicchu en el "Peabody Museum of Natural History" ubicado en New Heaven, Connecticut es más que decepcionante para ir al website del museo). La exhibición consiste en 10 piezas de cerámica, 10 de metalurgia, 10 de trabajos en piedra, 3 Q'eros, muy pocos textiles, y uno de los más hermosos Qhipu que se conocen en el mundo (la mayor parte de las piezas son de Machupicchu, pero no todas y la exhibicion no hace ninguna diferenciación; además no existe ni una sola fotografía de Machupicchu. Por su parte hay otros nichos pequeños que muestran principalmente cerámica de Civilizaciones Pre-Inkásicas. Los peruanos tienen la esperanza que algun día los artefactos ennumerados por Bingham es sus diversas publicaciones regresarán a Machupicchu porque le pertenecen.

La montaña de Waynapicchu es la que se encuentra hacia el norte de la ciudad y la que aparece al fondo de todas las vistas clásicas del lugar; en su cumbre se aprecian terrazas de contención estrechas cuya función principal fue evitar la erosión además de servir como jardines. Es posible alcanzar esa cumbre utilizando el camino que se encuentra en el flanco izquierdo de la montaña, son básicamente escalinatas que en muchos sectores han sido talladas en la roca viva de la montaña. La ascensión lenta toma una hora aproximadamente; élla no es peligrosa, sin embargo, quien la intenta deberá mantenerse alerta ya que el camino está al borde de precipicios y un descuido o un paso en falso podrían ser fatales; además, quien la intenta no debe sufrir de vértigo. Desde la cumbre se tiene una visión panorámica y espectacular de la Ciudad Inkásica, el Cañón del Urubamba y la montañas del entorno; todo parece indicar que allí existió un Santuario Quechua bastante importante.

A partir de Machupicchu es también posible emprender otras caminatas cortas; una de ellas es hacia el "Puente Inka" para lo cual se deberá alcanzar la pequeña "Wayrana del Vigilante" o "Puesto de Control" ubicado en la porción superior del sector agrícola; desde donde se coge el camino hacia el sudoeste, para luego de una caminata de unos 15 minutos llegar al lugar desde donde se aprecia el camino labrado en la cara de la montaña y en medio de él, las bases de un puente levadizo. Se supone que la estructura del puente fue de madera ligera que debía ser recogida o guardada para evitar el paso de personas no autorizadas y así facilitar la protección de Machupicchu.

Un poco más abajo del mismo "Puesto de Control" se halla el Camino Inka que originalmente unía Machupicchu con el Qosqo, el camino es una excelente muestra de la capacidad de la ingeniería y construcción Quechuas; aún conserva su empedrado original y es bastante amplio. Siguiendo el camino se arriba hasta el paso donde se encuentra "Intipunku" o la "Puerta del Sol" y más adelante a unos siete kilómetros de Machupicchu se halla el pequeño pueblo inkásico de Wiñaywayna y en un nivel más alto el complejo agrícola de Intipata.